Retención de aportes a seguridad social en bases inferiores al mínimo

Agradezco me colaboren con una duda con respecto al pago de Seguridad Social de los independientes a partir de junio de 2019.

Mi duda surge de que tengo un asesor del área de SGSST, y el con nuestra Empresa tiene un contrato de $1.000.000 por prestación de servicios mes. El, además tiene otros contratos con otras empresas. En este momento el hace su autoliquidación por un valor de $900. 000.oo. Si el suma sus contratos le dan un valor de más o menos $4.000. 000.oo, pero no cotiza sobre los $4.000.000, dado que como independiente tiene otros pagos y retenciones que dice no le alcanza para cotizar sobre $1.600. 000.oo, que debería.

Mi pregunta es: Si a partir de junio, cada contratante le debe hacer el pago y retención sobre el 40% de lo que es su ingreso mensual, pero siendo que no es un solo contrato sino con varias empresas, nosotros como Empresa si le vamos a descontar o a aportar sobre el 40% del $1.000.000, seria sobre un valor de $400.000, pero es menor al mínimo, ¿en ese caso que se hace?

Siendo que él tiene varios contratos, ¿el contratista puede seguir manejando su pago de seguridad social?