¿Empleador debe pagar incapacidad laboral que no es de la EPS?

En nuestro criterio, sí. La incapacidad laboral no suspende el contrato de trabajo, puesto que no figura dentro de las causales que el Código Sustantivo del Trabajo establece para la suspensión del contrato de trabajo, y al no suspenderse el contrato, el empleador sigue teniendo la obligación de pagar el salario o las prestaciones sociales y económicas que la ley establece.

El único caso en que el empleador no está obligado a pagar el salario al trabajador sin que el contrato de trabajo esté suspendido es cuando el trabajador no presta el servicio, es decir, cuando no trabaja sin causa justificada. En este caso, la ausencia es justificada porque existe una incapacidad laboral prescrita por un médico titulado, habilitado legalmente para prescribirla.

La norma no establece como condición que para justificar la falta al trabajo la incapacidad deba ser prescrita por el médico de la EPS; por lo tanto, consideramos que el empleador no puede negar el pago del salario o de la incapacidad por no haber sido prescrita por x o y médico.