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Retención en la fuente en los servicios de salud prestados por IPS

Los servicios integrales de salud prestados por una IPS soportan una retención del 2%, considerablemente inferior a la de servicios generales, según el artículo 1.2.4.4.12 del decreto 1625 de 2016. Pero esa tarifa no se aplica por el solo hecho de que el prestador sea una IPS: la norma exige que el servicio sea integral, y ahí está la mayoría de los errores. ¿Qué se entiende por servicio integral y qué pasa con el resto?

La tarifa del 2% y sus dos condiciones.

Conviene fijar de entrada los dos requisitos, porque la tarifa reducida solo procede cuando concurren ambos.

  1. Que el prestador sea una institución prestadora de salud, esto es, una IPS habilitada como tal.
  2. Que lo facturado corresponda a servicios integrales de salud.

Si el prestador no es una IPS, no aplica esta tarifa aunque el servicio sea de salud. Y si la IPS presta un servicio que no es integral, tampoco.

Conviene además precisar que la tarifa no depende de que la IPS declare renta o no, a diferencia de lo que ocurre en servicios generales. Además, la norma exige que la IPS esté constituida como persona jurídica.

Qué es un servicio integral de salud.

Es el concepto que decide la aplicación de la tarifa y el que la norma define con cierta amplitud.

Se entiende por servicio integral aquel que comprende el conjunto de prestaciones necesarias para atender una condición de salud, incluidos los honorarios profesionales, los insumos, los medicamentos, los exámenes y la hospitalización cuando corresponda.

Lo característico es que se factura un paquete y no cada componente por separado. La IPS cobra la atención completa, no la consulta más el laboratorio más el medicamento.

De acuerdo con nuestro criterio, la pregunta útil es si lo que se contrató fue la atención de una necesidad de salud o la prestación aislada de un servicio. En el primer caso hay integralidad; en el segundo, no.

Cuando el servicio no es integral.

Es el supuesto que más consultas genera y donde la tarifa cambia de forma significativa.

Si la IPS factura un servicio aislado que no constituye atención integral, no aplica el 2% sino el concepto que corresponda según la naturaleza de lo prestado.

Lo facturado. Concepto. Tarifa.
Atención integral de una condición de salud Servicios integrales de salud 2%
Consulta médica especializada aislada Honorarios 10% u 11%
Terapias y procedimientos profesionales aislados Honorarios 10% u 11%
Examen médico ocupacional Ver más adelante
Venta de medicamentos o insumos Compras 2.5% o 3.5%
Servicios administrativos o de apoyo Servicios 4% o 6%

La diferencia entre el 2% y el 11% es considerable, y por eso conviene que la IPS discrimine en su factura qué está cobrando.

Cuando la factura muestra un valor global sin discriminar, la retención se practica por el concepto que predomine en lo contratado, conforme a la regla que desarrollamos en el artículo sobre la base mínima de retención y conceptos por factura.

Los exámenes médicos ocupacionales.

Merecen sección propia porque concentran buena parte de las consultas del artículo y porque la respuesta depende de quién los practique.

El examen de ingreso, periódico o de retiro que la empresa contrata para sus trabajadores es un servicio de salud, pero no siempre lo presta una IPS ni siempre constituye una atención integral.

De acuerdo con nuestro criterio, cuando el examen lo practica una IPS habilitada y comprende el conjunto de valoraciones necesarias para emitir el concepto de aptitud laboral, hay un servicio integral y aplica el 2%.

Cuando lo practica un profesional independiente o un consultorio que no tiene la calidad de IPS ni está constituido en persona jurídica, el concepto aplicable es el de honorarios, porque se trata de una valoración profesional en la que prima el factor intelectual.

Y cuando lo que se factura es un examen aislado, como una audiometría o una prueba de laboratorio contratada por separado, el concepto sigue la naturaleza de esa prestación.

Conviene verificar la habilitación.

Es la verificación práctica que evita la mayoría de los errores en este concepto.

La condición de IPS no se presume ni se deduce del nombre comercial del establecimiento. Se acredita con la habilitación en el registro especial de prestadores de servicios de salud.

De acuerdo con nuestro criterio, el agente de retención debería solicitar ese soporte al iniciar la relación comercial, porque aplicar el 2% a quien no es IPS produce una retención inferior a la debida que el agente termina asumiendo.

La factura suele indicar el código de habilitación, y ese dato es el punto de partida de la verificación.

Otros prestadores de servicios de salud.

Conviene delimitar el alcance del artículo, porque el sector de la salud comprende actores con tratamientos distintos.

Las EPS no prestan directamente los servicios sino que administran el aseguramiento, de modo que los pagos que reciben no corresponden a servicios integrales de salud en el sentido de esta norma.

Los profesionales independientes que prestan servicios a una IPS o a una empresa reciben honorarios, con las tarifas y reglas que corresponden a ese concepto.

Las entidades sin ánimo de lucro que prestan servicios de salud y están calificadas en el régimen tributario especial no soportan retención sobre los pagos de sus actividades meritorias, como desarrollamos en el artículo sobre la retención en el régimen tributario especial.

Esa última excepción es relevante, porque varios hospitales están constituidos como entidades sin ánimo de lucro y su régimen desplaza al de esta tarifa.

Otras retenciones que concurren.

El pago a una IPS puede soportar más de una retención, y conviene liquidarlas por separado.

Los servicios de salud están excluidos del IVA en su mayoría, de modo que en la práctica no hay reteiva que practicar sobre ellos.

Sí puede haber lugar a retención de industria y comercio, según el acuerdo del municipio donde se preste el servicio, porque varios municipios gravan la actividad de prestación de servicios de salud.

Y si la IPS es autorretenedora, no se le practica retención de renta y es ella quien la declara, conforme a las reglas que desarrollamos en el artículo sobre la autorretención en el impuesto a la renta.

Preguntas frecuentes.

A continuación respondemos las preguntas frecuentes de nuestros lectores.

¿Cuál es la retención en la fuente a una IPS?

El 2% cuando lo facturado corresponde a servicios integrales de salud. Si el servicio no es integral, se aplica el concepto que corresponda según su naturaleza, que suele ser honorarios.

¿La tarifa del 2% depende de que la IPS declare renta?

No. Es una tarifa única que no distingue por la condición tributaria del prestador, a diferencia de lo que ocurre en servicios generales y en honorarios.

¿Qué se entiende por servicio integral de salud?

El que comprende el conjunto de prestaciones necesarias para atender una condición de salud, facturado como un paquete y no componente por componente. Lo determinante es si se contrató la atención completa o un servicio aislado.

¿Qué retención se aplica a un examen médico ocupacional?

El 2% si lo practica una IPS habilitada y comprende la valoración integral para el concepto de aptitud. Si lo practica un profesional o consultorio que no es IPS, el concepto es honorarios.

¿Se aplica el 2% a una consulta médica aislada?

No. Una consulta especializada aislada no constituye un servicio integral, de modo que se retiene por honorarios, con tarifa considerablemente mayor.

¿Cómo verifico que el prestador es una IPS?

Con la habilitación en el registro especial de prestadores de servicios de salud. La factura suele indicar el código de habilitación. En nuestro criterio conviene solicitar ese soporte al iniciar la relación comercial.

¿Qué retención se aplica a una terapia?

Si se factura de forma aislada y no como parte de una atención integral, se retiene por honorarios, porque es una prestación profesional en la que prima el factor intelectual.

¿Se le retiene a una EPS?

Las EPS administran el aseguramiento y no prestan directamente los servicios, de modo que los pagos que reciben no corresponden a servicios integrales de salud en el sentido de esta norma.

¿Se retiene IVA a una IPS?

En la práctica no, porque los servicios de salud están excluidos del IVA en su mayoría y sin impuesto facturado no hay base sobre la cual retener.

¿Un hospital sin ánimo de lucro soporta esta retención?

No, si está calificado en el régimen tributario especial y el pago corresponde a sus actividades meritorias. Ese régimen desplaza al de esta tarifa.

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Forma de citar este artículo (APA):

Gerencie.com. (2026, septiembre 14). Retención en la fuente en los servicios de salud prestados por IPS [Entrada de blog]. Recuperado de https://www.gerencie.com/tarifa-de-retencion-en-la-fuente-aplicable-a-las-ips.html

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17 comentarios

  1. Hola, buen día.

    Quisiera saber qué retención se le debe aplicar a una IPS que se dedica a la realización de terapias física, fonoaudiológicas, ocupacional y respiratorias. Ya que uno de los clientes venía aplicando retención del 4% SERVICIOS, pero hace un mes inició a aplicar retención del 11% HONORARIOS.

    Gracias.

    Responder a Brayan 1 respuesta
    1. Debería ser del 11% porque es un servicio especializado, por lo que clasifica como honorarios y no como servicios generales.

      1. Brayan

        ¿Aún cuando la IPS se encuentre habilitada e inscrita ante la Superintendencia de Salud?

  2. Buen día, quisiera saber si los exámenes ocupacionales realizados por una IPS no especializada se deben clasificar como un servicio o como un horario. Según esto, ¿qué tarifa les aplica: 4% por servicios o 11% por honorarios? Gracias.

    Responder a Ana 1 respuesta
    1. En nuestro criterio, se deben tratar como honorarios, porque el hecho de que la IPS no sea especializada no quita que el servicio sea especializado o deba ser realizado por un profesional en el que prima el factor intelectual.

  3. Buen día, ¿cuál sería el porcentaje aplicable a la prestación de servicios de rehabilitación física y cognitiva, prestado por una IPS que se dedica primordialmente a este tema? Una EPS está cobrando el 11%. Agradezco en la respuesta consignar la base normativa y ser lo más ilustrativos posible. Muchas gracias.

    Responder a DIEGO 1 respuesta
    1. Desafortunadamente, no existe una ley que específicamente establezca la tarifa de retención en esos casos, y para determinarla se debe recurrir a la interpretación.

      Para aplicar la tarifa del 2%, que es específica para las EPS, se deben cumplir dos requisitos:

      • Deben estar constituidas como personas jurídicas.
      • Deben ser IPS especializadas.

      Si no se cumplen esos requisitos, no se puede aplicar la tarifa del 2%, y la que se aplica puede ser la de servicios (4% o 6%) o la de honorarios (10% o 11%), y, en general, se aplica la del 11% que corresponde a las personas naturales obligadas a declarar renta y a las personas jurídicas, y por eso la EPS aplica el 11%.

  4. Pregunta:
    En una compra de insumos médicos, ¿se debe practicar retención en la fuente?
    Gracias.

    Responder a EGUM 1 respuesta
    1. Sí. En cuanto a la retención en la fuente a título de renta se aplican las normas generales sobre la retención en la fuente.

  5. Buen día,

    Tengo una pequeña inquietud: ¿bajo qué sustento normativo se puede aplicar la retención fuente del 4% a servicios ocupacionales?

    Responder a JOSEPH03 1 respuesta
    1. Cuando no se cumplen los criterios para aplicar el 2% según el artículo 392 del Estatuto Tributario, es decir, que el servicio sea prestado por una entidad o persona distinta a una IPS.

  6. Una empresa que realiza exámenes de ingreso, ¿le debo aplicar retención? ¿Cuál es la base mínima?

    Responder a paola01 1 respuesta
    1. Si el examen es realizado por una IPS, se aplica el 2%; de lo contrario, se aplica la retención por servicios o por honorarios.

  7. ¿A qué se le llama IPS especializada?

    Responder a MARY 1 respuesta
    1. A una institución prestadora de servicios especializados de salud, como por ejemplo, cardiología, etc.

  8. Hola, buen día.

    Quisiera saber si una clínica nos presta el servicio de reempacar medicamentos y de esterilizar dispositivos, ¿tomaría la tarifa del 2% o la del 4%?

    Muchas gracias.

    Responder a Angie 1 respuesta
    1. LILIAN

      4% porque los servicios integrales en salud son los que se les aplica la tarifa del 2%. Se debe leer qué significa servicio integral.