¿Quién paga las incapacidades laborales al trabajador?

Las incapacidades se las paga al trabajador el empleador, que después las recobra a la EPS o a la ARL según el origen, y esa obligación no depende de que la entidad ya las haya reconocido. Lo ordena el artículo 121 del decreto ley 19 de 2012, que además radica el trámite en cabeza de la empresa. ¿Y quién asume cada tramo cuando la incapacidad se prolonga?

El empleador paga primero, siempre.

El orden importa y suele invertirse en la práctica, con el resultado de que el trabajador pasa meses sin recibir nada.

La secuencia correcta es esta: el empleador le paga al trabajador cuando liquida la nómina, y luego gestiona ante la EPS o la ARL el reconocimiento y el reembolso. No al revés.

La razón de fondo es que la incapacidad no suspende el contrato de trabajo. Mientras el contrato esté vigente, el trabajador debe seguir recibiendo los ingresos de los que vive, solo que durante la incapacidad el salario es sustituido por un auxilio económico a cargo del sistema de seguridad social.

La Corte Constitucional lo ha recordado en varias sentencias de tutela, entre ellas la T-140 de 2016:

«No obstante, tratándose de incapacidades laborales la Corte ha entendido que estos pagos se constituyen en el medio de subsistencia de la persona que como consecuencia de una afectación en su estado de salud ha visto reducida la capacidad de procurarse por sus propios medios los recursos para su subsistencia y la de su familia.»

De acuerdo con nuestro criterio, el empleador no puede sustraerse de esa obligación argumentando que la EPS no ha reconocido la incapacidad. El riesgo del recobro es suyo, no del trabajador.

• Guía de arrendamiento sin riesgo
• Proyección y planeación pensional
• Liquidador de intereses judiciales y comerciales

Quién asume cada tramo.

Una cosa es quién le paga al trabajador, que siempre es el empleador, y otra quién asume finalmente el costo. Eso último depende del origen de la incapacidad y de cuánto dure.

Incapacidades de origen común.

Son las que provienen de una enfermedad o un accidente ajenos al trabajo. El costo se reparte así:

Los dos primeros días los asume el empleador por disposición del artículo 1 del decreto 2943 de 2013, que modificó el parágrafo 1 del artículo 40 del decreto 1406 de 1999. A partir del tercero entra la EPS, según el artículo 142 del decreto ley 19 de 2012.

Los porcentajes provienen del artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo, que fija el auxilio en las dos terceras partes del salario durante los primeros noventa días y en la mitad por el tiempo restante.

Hay un piso que no puede desconocerse: el auxilio por incapacidad no puede ser inferior al salario mínimo, de modo que quien devenga un mínimo recibe el 100 % y no el 66,67 %.

Incapacidades de origen laboral.

Cuando la incapacidad proviene de un accidente de trabajo o de una enfermedad laboral, la asume la ARL desde el primer día y sobre el 100 % del salario. No hay tramos ni porcentajes decrecientes, y tampoco los dos días a cargo del empleador.

Mientras se califica el origen, la EPS paga de forma provisional como si fuera común. Si después se confirma que era laboral, la ARL reliquida al 100 % y le reembolsa a la EPS lo adelantado.

El trámite le corresponde al empleador.

No es una cortesía de la empresa sino una obligación legal, y el trabajador no puede ser enviado a hacer la fila. Señala el artículo 121 del decreto ley 19 de 2012, conocido como ley antitrámites:

«El trámite para el reconocimiento de incapacidades por enfermedad general y licencias de maternidad o paternidad a cargo del Sistema General de Seguridad Social en Salud, deberá ser adelantado, de manera directa, por el empleador ante las entidades promotoras de salud, EPS. En consecuencia, en ningún caso puede ser trasladado al afiliado el trámite para la obtención de dicho reconocimiento.»

La única obligación del trabajador es informarle al empleador que le fue expedida una incapacidad o una licencia, y entregarle el soporte.

De acuerdo con nuestro criterio, la empresa que le exige al trabajador radicar su propia incapacidad ante la EPS está incumpliendo una norma expresa, y esa exigencia puede denunciarse ante el Ministerio del Trabajo.

Requisitos para que la EPS reconozca.

El decreto 2126 de 2023 fijó condiciones que antes no estaban tan claras. Según el artículo 2.2.3.3.1 del decreto 780 de 2016, deben acreditarse al momento de iniciar la incapacidad:

1. Estar afiliado al sistema en calidad de cotizante, incluidos los pensionados con ingresos adicionales.
2. Haber cotizado efectivamente como mínimo cuatro semanas inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad, equivalentes a 28 días.
3. Contar con el certificado de incapacidad expedido por el médico de la red de la EPS o validado por esta.

El requisito de las cuatro semanas es propio de las incapacidades y no se le aplica a la licencia de maternidad, que tiene sus propias condiciones.

La norma agrega que el tiempo mínimo de cotización se verifica a la fecha límite de pago del periodo en que inicia la incapacidad, y que el ingreso base es el reportado en el mes anterior al inicio de la incapacidad inicial, no el de las prórrogas.

Cuando el trabajador no cumple las cuatro semanas.

Es el caso del trabajador recién vinculado que se incapacita a los pocos días. La EPS no reconoce la incapacidad, pero eso no exime al empleador: la obligación de pagar nace del contrato de trabajo, no de la seguridad social.

De acuerdo con nuestro criterio, la empresa debe pagar y asumir el costo sin posibilidad de recobro. Es una carga incómoda, pero trasladarla al trabajador sería dejarlo sin sustento por una condición que él no controla.

Lo que la EPS no reconozca lo asume el empleador.

Es la regla de cierre del sistema y conviene entender de dónde sale, porque explica por qué no admite excepciones.

La obligación de pagar la incapacidad nació en cabeza del empleador, mucho antes de que existiera el aseguramiento en salud. Lo dice el artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo, que ordena al empleador pagar un auxilio monetario al trabajador incapacitado. Con la creación del sistema de seguridad social ese riesgo se trasladó a la EPS a cambio de las cotizaciones, y cuando la EPS no responde, la obligación regresa a donde estaba.

De ahí se siguen dos consecuencias que conviene tener claras:

• El empleador paga aunque la negativa de la EPS sea ilegal, y su discusión con la entidad no suspende ese deber.
• El empleador no puede pedirle al trabajador que le devuelva lo pagado cuando la EPS termina no reconociendo la incapacidad.

Los casos en que la EPS no está obligada a reconocer, y qué hacer en cada uno, los desarrollamos en casos en que la EPS no reconoce incapacidades.

Durante la suspensión del contrato.

Podría pensarse que si el contrato está suspendido el empleador queda relevado, y no es así. Durante la suspensión se siguen haciendo las cotizaciones a salud, de modo que el trabajador continúa siendo afiliado activo y la EPS reconoce las incapacidades que correspondan.

Y respecto de los dos primeros días, el artículo 53 del Código Sustantivo del Trabajo dispone que durante la suspensión cesa para el empleador la obligación de pagar el salario, pero corren a su cargo las obligaciones por enfermedad del trabajador.

De acuerdo con nuestro criterio, esa mención comprende las incapacidades, que son precisamente una obligación derivada de la enfermedad, de modo que el empleador responde por ellas aunque el contrato esté suspendido.

Cuando la incapacidad se extiende más allá del contrato.

Es una situación frecuente y la respuesta sorprende: el empleador debe pagar también los días posteriores a la terminación del contrato.

La razón es que la incapacidad es una sola y la EPS la reconoce como tal. No puede fraccionarse en dos partes, una dentro de la vigencia del contrato y otra después.

Supongamos una incapacidad de 30 días y un contrato que termina cuando el trabajador lleva 10 días incapacitado. Como al iniciarse la incapacidad el trabajador estaba afiliado como asalariado, es el empleador quien debe radicar la solicitud, y la EPS le reconoce y le paga a él los 30 días.

En consecuencia, la empresa debe pagarle al trabajador los 30 días completos y luego gestionar el reconocimiento ante la EPS. Si pagara solo los 10 días de vigencia del contrato, el trabajador quedaría sin forma de tramitar los 20 restantes, porque ya no tiene empleador que radique y la incapacidad fue reconocida a nombre de la empresa.

Conviene precisar algo que suele inquietar al empleador: pagar la incapacidad completa no extiende el contrato de trabajo. El vínculo termina en la fecha prevista y lo que subsiste es la obligación de pagar una prestación económica ya causada.

De acuerdo con nuestro criterio, la misma lógica aplica a la liquidación: el contrato se liquida con corte a la fecha de terminación, y los días de incapacidad posteriores no generan prestaciones sociales ni aportes, porque ya no hay relación laboral.

Trabajadores a tiempo parcial o por días.

Es el caso más reciente y el que menos claridad tiene, porque la norma que lo permitió no lo resolvió.

La ley autoriza contratar trabajadores por días o a tiempo parcial sin afiliarlos al régimen contributivo en salud, de modo que suelen quedar como beneficiarios o en el régimen subsidiado. El problema es que el régimen contributivo no paga incapacidades a quien no es cotizante, y ninguna de esas normas dijo quién las asume entonces.

De acuerdo con nuestro criterio, se aplican las reglas generales: mientras el contrato esté vigente, las paga el empleador. No puede sostenerse que el trabajador quede sin cobertura económica porque la ley flexibilizó la afiliación. Los tratamientos médicos sí los asume el sistema de salud, porque el trabajador sigue afiliado.

Queda una segunda duda que tampoco está resuelta: cómo se liquidan, si el trabajador no labora todos los días y la incapacidad corre de corrido. De acuerdo con nuestro criterio, lo más equilibrado es determinar el salario promedio mensual, hallar el valor día y pagar todos los días de incapacidad sobre esa base.

Conviene advertir que esa flexibilización puede salir cara: el empleador que no afilia se ahorra la cotización pero asume incapacidades y licencias con sus propios recursos, y en muchos casos le resulta más económico cotizar, sobre todo si está exonerado de los aportes a salud.

Cómo le paga la EPS al empleador.

La EPS reembolsa directamente al aportante mediante transferencia electrónica, o le paga al trabajador independiente cuando no hay empleador de por medio. Lo que hoy no se puede hacer es descontar esos valores de las cotizaciones. El parágrafo 1 del artículo 2.2.3.4.3 del decreto 780 de 2016 es expreso:

«Los aportantes no podrán deducir de las cotizaciones en salud los valores correspondientes a las de incapacidades por enfermedad general o de las licencias de que trata este Título, y deberán realizar el registro de tales novedades dentro del proceso de liquidación y pago de aportes.»

La novedad sí debe reportarse en la planilla: ese reporte es el que permite que la EPS identifique el periodo y liquide el reembolso. Los plazos y los intereses que la EPS debe cuando incumple están en cuánto tiempo tiene la EPS para pagar una incapacidad.

Plazo para solicitar el reembolso.

El derecho del empleador a recobrar no es indefinido, y ese es un descuido frecuente en empresas con alta rotación. El artículo 28 de la ley 1438 de 2011 dispone:

«El derecho de los empleadores de solicitar a las Entidades Promotoras de Salud el reembolso del valor de las prestaciones económicas prescribe en el término de tres (3) años contados a partir de la fecha en que el empleador hizo el pago correspondiente al trabajador.»

Son tres años contados desde el pago al trabajador, no desde la expedición de la incapacidad.

De acuerdo con nuestro criterio, esperar hasta el final del plazo es mala idea. Entre más tiempo pase, más difícil resulta reunir los soportes y más probable es que la EPS glose el cobro.

Situaciones particulares.

Tres casos que se salen del esquema general y que conviene tener resueltos.

Trabajador independiente. No hay empleador que adelante el pago. El propio cotizante radica y la EPS le paga a él, y los dos primeros días los asume él mismo.

Incapacidad durante una licencia. Si la incapacidad coincide con una licencia de maternidad o paternidad, se paga solo la licencia, como explicamos en incapacidades durante la licencia de maternidad.

Incapacidad durante las vacaciones. Las vacaciones se interrumpen por el tiempo que dure la incapacidad y se reanudan al día siguiente de terminada, según el artículo 2.2.3.3.8 del decreto 780 de 2016.

A continuación respondemos las preguntas frecuentes de nuestros lectores.

• Liquidador de intereses propiedad horizontal
• Guía Laboral 2026
• Liquidador de pensiones en Colpensiones
• Guía de propiedad horizontal