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Aportes parafiscales durante incapacidades y licencias

Los aportes parafiscales se liquidan sobre la nómina de salarios y sobre los descansos remunerados de ley, según el artículo 17 de la ley 21 de 1982, de modo que no se causan durante las incapacidades ni durante las licencias que paga el sistema de seguridad social, porque lo que el trabajador recibe allí es un auxilio y no un salario. Sí se causan en las licencias que paga el empleador. ¿Cuándo se pagan y cuándo no?

La regla: salario o descanso remunerado.

Toda la materia se resuelve con una sola pregunta: ¿lo que el trabajador recibe es salario o no lo es?

El artículo 17 de la ley 21 de 1982 define la base en estos términos:

«Para efectos de la liquidación de los aportes al Régimen del Subsidio Familiar, Servicio Nacional de Aprendizaje (SENA), Escuela Superior de Administración (ESAP), Escuelas Industriales e Institutos Técnicos, se entiende por nómina mensual de salarios la totalidad de los pagos hechos por concepto de los diferentes elementos integrantes del salario en los términos de la Ley Laboral, cualquiera que sea su denominación y además, los verificados por descansos remunerados de ley y convencionales o contractuales.»

La base tiene entonces dos componentes: los pagos que constituyen salario y los descansos remunerados.

Lo que queda por fuera son las prestaciones económicas a cargo del sistema de seguridad social, porque no son salario ni son descansos pagados por el empleador.

Resumen por situación.

Aplicando esa regla a cada figura, el resultado es el siguiente.

Situación ¿Parafiscales? Razón
Incapacidad de origen común No Es auxilio económico, no salario
Incapacidad de origen laboral No Es auxilio económico, no salario
Licencia de maternidad No Es prestación económica, no salario
Licencia de paternidad No Es prestación económica, no salario
Licencia por luto Sí Descanso remunerado a cargo del empleador
Licencia por calamidad doméstica Sí Descanso remunerado a cargo del empleador
Vacaciones Sí Descanso remunerado de ley
Licencia no remunerada No No hay pago que sirva de base

El criterio que ordena la tabla es quién paga y a qué título. Si el empleador paga y lo que paga es salario o descanso remunerado, hay parafiscales. Si el pago viene del sistema de seguridad social, no los hay.

Parafiscales durante la incapacidad.

No se causan, cualquiera que sea el origen de la incapacidad.

Lo que el trabajador recibe es un auxilio económico a cargo de la EPS, la ARL o el fondo de pensiones, que no tiene naturaleza remuneratoria porque no retribuye un servicio prestado.

La sección cuarta del Consejo de Estado lo resolvió expresamente en la sentencia 23856 del 19 de agosto de 2021, con ponencia de la magistrada Stella Jeannette Carvajal:

«Comoquiera que el auxilio que recibe el trabajador incapacitado, en los términos de la ley laboral, no constituye salario, es claro que tampoco integra la nómina mensual de salarios y, en consecuencia, se excluye de la base para calcular los aportes con destino al SENA, ICBF y CCF.»

La exclusión cubre los tres destinos: el Sena, el ICBF y las cajas de compensación familiar.

Los dos primeros días.

Es el matiz que más se consulta, porque esos días los paga el empleador con sus propios recursos.

De acuerdo con nuestro criterio, tampoco generan parafiscales. Lo que el empleador paga sigue siendo el auxilio del artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo, que no es salario aunque salga de su bolsillo. Lo determinante es la naturaleza del pago y no su fuente.

Cuando la incapacidad cubre parte del mes.

Es la situación más frecuente y la que exige cuidado al liquidar la planilla.

Los parafiscales se liquidan únicamente sobre los días efectivamente laborados y pagados como salario. Los días de incapacidad quedan por fuera de la base.

Si el trabajador laboró veinte días y estuvo incapacitado diez, la base parafiscal corresponde a los veinte días de salario, no al mes completo.

Parafiscales durante las licencias.

Aquí la respuesta depende de quién paga la licencia, y esa es la distinción que suele pasarse por alto.

Licencias a cargo del sistema de salud.

La licencia de maternidad, la de paternidad, las licencias parentales, la licencia por aborto y la de cuidado de la niñez las paga la EPS.

Lo que la trabajadora recibe es una prestación económica que reemplaza el salario sin serlo, de modo que no hay base parafiscal.

El subsidio familiar sí se conserva.

Es el punto que más se malinterpreta y conviene separarlo con cuidado.

Que el empleador no aporte a la caja de compensación no significa que la trabajadora pierda el subsidio familiar ni los servicios de la caja.

La licencia no suspende la afiliación a la caja. La trabajadora se sigue reportando en la planilla y, al no suspenderse la afiliación, conserva los beneficios de cualquier afiliado.

El artículo 3 de la ley 789 de 2002 señala de forma expresa la obligación de pagar el subsidio familiar durante el periodo de licencia de maternidad. El detalle de quiénes tienen derecho lo desarrollamos en el artículo sobre el subsidio familiar.

De acuerdo con nuestro criterio, la trabajadora que se queda sin subsidio durante su licencia debe reclamarlo ante la caja, y el empleador debe verificar que la novedad se haya reportado correctamente, porque el problema casi siempre está en la planilla y no en el derecho.

Licencias a cargo del empleador.

La licencia por luto y la licencia por grave calamidad doméstica las paga el empleador, y lo que paga es el salario del trabajador, que no se le puede descontar.

Como existe un pago con connotación salarial, hay base para liquidar los aportes parafiscales.

En realidad, en estas licencias no hay una liquidación distinta que hacer: el trabajador sigue recibiendo su salario normal y los aportes se calculan como en cualquier otro mes.

Lo mismo ocurre con las vacaciones, que son un descanso remunerado de ley expresamente incluido en la definición del artículo 17 de la ley 21 de 1982.

Licencias no remuneradas.

Tampoco se causan, pero por una razón distinta: no hay ningún pago que sirva de base.

Durante una licencia no remunerada el trabajador no recibe salario, de modo que su nómina de ese periodo es cero y sobre cero no se liquida nada.

No es que la ley exonere del aporte: es que no existe base gravable.

La consecuencia práctica es que el empleador no debe pagar caja de compensación, Sena ni ICBF por ese trabajador, ni por los días no remunerados cuando la licencia cubre solo parte del mes.

No confundir con la seguridad social.

Es la advertencia más importante del artículo, porque las dos obligaciones siguen reglas opuestas.

Los aportes a salud y pensión sí se causan durante la incapacidad y durante las licencias, tomando como base el valor de la prestación. Los parafiscales no.

Y en las licencias no remuneradas ocurre lo mismo: no hay parafiscales, pero los aportes a salud y pensión deben seguirse pagando.

El tratamiento de los aportes durante la incapacidad lo desarrollamos en el artículo sobre la cotización a seguridad social en periodos de incapacidad, y el de las licencias no remuneradas en el de la seguridad social en licencias no remuneradas.

Los aportes a riesgos laborales siguen la misma suerte que los parafiscales: no se causan, porque durante la incapacidad o la licencia no hay riesgo asegurable.

Preguntas frecuentes.

A continuación respondemos las preguntas frecuentes de nuestros lectores.

¿Se pagan parafiscales sobre las incapacidades?

No. El auxilio por incapacidad no constituye salario ni integra la nómina mensual de salarios, de modo que se excluye de la base para el Sena, el ICBF y las cajas de compensación.

¿En incapacidad se paga caja de compensación?

No sobre los días de incapacidad. Si la incapacidad cubre parte del mes, se liquida únicamente sobre los días laborados y pagados como salario.

¿Y sobre los dos primeros días que paga la empresa?

En nuestro criterio tampoco, porque lo que el empleador paga sigue siendo un auxilio y no un salario. Lo determinante es la naturaleza del pago, no quién lo hace.

¿En licencia de maternidad se paga caja de compensación?

No. El pago lo hace la EPS y no constituye salario. Distinto es el subsidio familiar, que la caja sí debe seguir pagándole a la trabajadora.

¿La trabajadora pierde el subsidio familiar durante la licencia?

No. La licencia no suspende la afiliación a la caja y la ley ordena expresamente pagar el subsidio durante ese periodo. Si no lo recibe, el problema suele estar en el reporte de la planilla.

¿Se pagan parafiscales en la licencia por luto?

Sí. La paga el empleador y corresponde al salario del trabajador, que no puede descontarse, de modo que hay base para liquidar los aportes.

¿En licencia no remunerada se paga caja de compensación?

No, porque no hay ningún pago que sirva de base. No es una exoneración, es ausencia de base gravable.

¿Se paga seguridad social durante la incapacidad?

Sí, a salud y pensión, tomando como base el valor de la incapacidad. Esa obligación sigue una regla distinta de la de los parafiscales y conviene no confundirlas.

¿Se paga ARL durante la incapacidad?

No, porque no hay riesgo asegurable mientras el trabajador no labore. Es requisito reportar la novedad a la ARL para que no se causen.

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Forma de citar este artículo (APA):

Gerencie.com. (2026, septiembre 14). Aportes parafiscales durante incapacidades y licencias [Entrada de blog]. Recuperado de https://www.gerencie.com/aportes-parafiscales-en-periodo-de-incapacidad.html

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6 comentarios

  1. Buenos días, en caso de que la empresa decida pagar el 100% del salario en periodo de incapacidad y no solo el auxilio económico para que no se vea afectado, ¿el auxilio adicional que asume la empresa sería parte del IBC para los aportes parafiscales?

    Responder a Jhon 1 respuesta
    1. En nuestro criterio, no se deben pagar aportes parafiscales sobre el exceso al pago mínimo, porque ese pago sigue teniendo la misma naturaleza, la de auxilio económico, puesto que el trabajador, al no estar laborando, no recibe una contraprestación (salario).

  2. Buenas tardes. Tengo una pregunta: la empresa da compensación al final del año, pero dicha persona tuvo incapacidad por 3 meses. Mi pregunta es si se toman en cuenta los días de incapacidad para el cálculo de la compensación.

    Responder a michelle 1 respuesta
    1. La compensación, al ser un pago que al empresa hace de forma voluntaria o por acuerdo con los trabajadores, determinará las reglas para su reconocimiento.

  3. Gloria Ester Cuiza Albarracin

    Una persona que trabaja en las dos quincenas y realiza horas extras, para el pago de aportes, suma las dos quincenas o se promedia el valor del mes (es decir, el total se divide en dos).

    Gracias.

    1. Se deben sumar las dos quincenas, sin que luego se deba promediar, puesto que la finalidad es que los aportes se realicen sobre el valor efectivamente devengado por el trabajador.

      Saludos