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Prestaciones sociales en periodos de incapacidad

La incapacidad no suspende el contrato de trabajo, de modo que el trabajador sigue causando prima de servicios, cesantías, intereses y vacaciones, aunque durante ese tiempo no reciba salario sino un auxilio económico. La consecuencia práctica es que las prestaciones no se liquidan sobre la incapacidad sino sobre el último salario devengado. ¿Qué se conserva, qué no y cómo se liquida?

La incapacidad no suspende el contrato.

Es la premisa de la que sale todo lo demás, y conviene fijarla porque se confunde con la suspensión.

El artículo 51 del Código Sustantivo del Trabajo enumera las causales de suspensión del contrato, y la incapacidad no está entre ellas.

Mientras el contrato esté vigente y no suspendido, el empleador debe seguir cumpliendo sus obligaciones, y las prestaciones sociales son una de ellas.

Para que se causen no hace falta que el trabajador devengue salario. Basta con que el contrato esté en ejecución.

Qué se conserva y qué no.

Conviene tener el cuadro completo, porque no todos los conceptos corren la misma suerte.

Concepto ¿Se causa? Observación
Prima de servicios Sobre el último salario devengado
Auxilio de cesantías Sobre el último salario devengado
Intereses sobre cesantías Sobre las cesantías causadas
Vacaciones El tiempo de incapacidad cuenta
Dotación Sí, con matices Discutible en incapacidades prolongadas
Auxilio de transporte No No hay desplazamiento al trabajo
Descuentos de libranza No El auxilio no es salario

El tiempo de incapacidad tampoco se descuenta para efectos del conteo. Para liquidar un año se siguen tomando 360 días, aunque el trabajador haya estado incapacitado 180 o incluso los 360.

Sobre qué salario se liquidan.

Aquí está la pregunta que más se equivoca en nómina, y la respuesta es contraintuitiva.

Las prestaciones sociales se liquidan sobre el salario, y durante la incapacidad el trabajador no recibe salario sino un auxilio económico que paga la EPS, la ARL o el fondo de pensiones.

Ese auxilio no constituye salario, de modo que no puede servir de base. Lo que se toma es el último salario devengado por el trabajador antes de la incapacidad.

Así lo ha recordado el Ministerio del Trabajo, entre otros en el concepto 100198 de 2014.

De acuerdo con nuestro criterio, esa solución es la única razonable. Liquidar sobre el auxilio castigaría al trabajador dos veces: primero recibe menos por estar enfermo y después vería reducidas sus prestaciones por la misma causa.

Si el salario cambió durante la incapacidad.

Ocurre con frecuencia en incapacidades largas que atraviesan el cambio de año.

Si el trabajador devengaba el salario mínimo y este se incrementó, se toma el valor vigente y no el anterior.

De acuerdo con nuestro criterio, la misma lógica aplica a cualquier incremento general que la empresa haya aplicado a su nómina: si el trabajador hubiera recibido el aumento de no estar incapacitado, no hay razón para excluirlo de la base.

El promedio cuando el salario es variable.

Es el caso que más errores produce, porque intervienen dos reglas que se confunden.

Cuando el salario es variable hay que promediarlo para liquidar cesantías, prima, vacaciones e indemnización por despido. Y al hacerlo, los periodos de incapacidad deben excluirse.

La razón es que lo que se promedia es el salario, y durante la incapacidad no hubo salario sino auxilio. Incluirlo distorsiona el promedio a la baja.

La sala laboral de la Corte Suprema de Justicia lo precisó en la sentencia SL1659-2025:

«Pero para que la operación conserve un equilibro en la retribución, el promedio sólo permite computar tiempos efectivamente devengados, lo que excluye los períodos en los cuales el contrato estuvo suspendido y no se percibió suma alguna, así como el tiempo en el que devengó la incapacidad.»

El promedio se extiende hacia atrás.

Esta es la parte que suele pasarse por alto y que cambia el resultado.

La ley manda promediar el último año de servicios, entendido como los últimos doce meses efectivamente laborados.

Si en el último año el trabajador estuvo un mes incapacitado, el promedio no se hace sobre once meses: hay que retroceder un mes más, de modo que se promedian trece meses calendario para obtener doce meses de salario.

De acuerdo con nuestro criterio, esta es la diferencia entre excluir y descontar. Excluir los meses de incapacidad sin reemplazarlos reduce el promedio, que es justamente lo que la Corte quiso evitar.

Los descuentos de libranza.

No proceden sobre el auxilio de incapacidad, y la razón es la misma que gobierna todo el artículo.

El Ministerio del Trabajo, en el concepto 4103 de 2019, señaló que no pueden efectuarse descuentos por libranza sobre el auxilio económico por incapacidad, sea de origen común o laboral.

El fundamento está en la ley 1527 de 2012, que autoriza el descuento sobre salarios, honorarios y pensiones. El auxilio de incapacidad no es ninguno de los tres.

Conviene advertir algo que el trabajador suele descubrir tarde: que no haya descuento no significa que la deuda desaparezca.

De acuerdo con nuestro criterio, el trabajador debe pagar la cuota directamente al acreedor durante la incapacidad. La obligación con el banco no está sujeta a su estado de salud, y no hacerlo lo deja en mora y afecta su historial crediticio.

Lo razonable es que el empleador le advierta la situación al trabajador cuando deje de aplicar el descuento, para que este pueda pagar por su cuenta.

La dotación.

Es el único concepto donde la respuesta admite discusión, y conviene exponerla con sus dos lados.

El artículo 230 del Código Sustantivo del Trabajo exige solo dos condiciones para tener derecho a la dotación: devengar hasta dos salarios mínimos y llevar más de tres meses de servicio a la fecha de entrega.

La norma no contempla la incapacidad como causal de pérdida del derecho.

De acuerdo con nuestro criterio, el trabajador que a la fecha de entrega esté incapacitado conserva el derecho a recibirla, porque no es una decisión suya no poder usarla y la ley no condicionó el derecho a su uso efectivo.

La excepción de las incapacidades prolongadas.

El Ministerio del Trabajo tiene una posición distinta para los casos extremos. En el concepto 08SE20191203000000003523 del 7 de febrero de 2019 sostuvo:

«Por lo anterior, entendería esta oficina jurídica que en los casos de incapacidades prolongadas, para el caso en concreto de más de un año, teniendo en cuenta que la finalidad de la dotación, es que el trabajador la utilice en las labores contratadas, carecería de todo sentido el suministro durante una incapacidad superior a un año, pues la dotación se entendería que se justifica claramente en aquellos trabajadores activos y que real y efectivamente prestan sus servicios al empleador, ya que por obvias razones no puede utilizarla durante una incapacidad tan prolongada.»

Es una interpretación razonable y cada empleador decidirá si la acoge.

De acuerdo con nuestro criterio, conviene distinguir: una incapacidad de dos meses no justifica negar la dotación, mientras que una de más de un año sí vacía de sentido la entrega. Lo prudente es dejar el criterio en el reglamento interno para no decidirlo caso por caso.

Preguntas frecuentes.

A continuación respondemos las preguntas frecuentes de nuestros lectores.

¿En incapacidad se pagan prestaciones sociales?

Sí. La incapacidad no suspende el contrato, de modo que se siguen causando la prima, las cesantías, los intereses y las vacaciones.

¿Sobre qué salario se liquidan?

Sobre el último salario devengado antes de la incapacidad, no sobre el auxilio, porque este no constituye salario.

¿Una persona incapacitada más de 180 días tiene derecho a prima?

Sí. La duración de la incapacidad solo determina quién la paga, no afecta las prestaciones sociales.

¿Los días de incapacidad se descuentan del tiempo para liquidar?

No. Para liquidar un año se siguen tomando 360 días, aunque el trabajador haya estado incapacitado buena parte de ellos.

¿Se pagan vacaciones si estuve incapacitado?

Sí, el tiempo cuenta para causarlas. Y si la incapacidad ocurre durante el disfrute, las vacaciones se interrumpen y se reanudan al terminar.

¿Cómo se promedia el salario variable si hubo incapacidad?

Excluyendo los periodos de incapacidad y retrocediendo otro tanto, de modo que se promedien doce meses efectivamente devengados. Si estuvo un mes incapacitado, se toman trece meses calendario.

¿Se descuenta la libranza de la incapacidad?

No. El descuento procede sobre salarios, honorarios y pensiones, y el auxilio de incapacidad no es ninguno de los tres. Pero la deuda con el banco sigue vigente y conviene pagarla directamente para no entrar en mora.

¿Se entrega dotación al trabajador incapacitado?

En nuestro criterio sí, porque la ley no contempla la incapacidad como causal de pérdida del derecho. El Ministerio del Trabajo sostiene que en incapacidades superiores a un año la entrega carece de sentido.

¿Se paga auxilio de transporte durante la incapacidad?

No. El auxilio compensa el desplazamiento al lugar de trabajo, y durante la incapacidad no hay desplazamiento.

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Forma de citar este artículo (APA):

Gerencie.com. (2026, septiembre 10). Prestaciones sociales en periodos de incapacidad [Entrada de blog]. Recuperado de https://www.gerencie.com/prestaciones-sociales-en-periodo-de-incapacidad.html

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32 comentarios

  1. Una persona que esté incapacitada por 100 días, su base de auxilio de transporte tendría efecto para el cálculo de sus primas.

    Responder a carlos 1 respuesta
    1. Al estar incapacitado y no recibir auxilio de transporte, la base de liquidación de la prima se verá disminuida.

  2. En cuanto a la prima, el Concepto 069751 de 2022 del Departamento Administrativo de la Función Pública dice que no se debe pagar si la incapacidad es superior a 180 días o ¿ese concepto fue derogado?

    1. Es un concepto que no ha sido derogado (no tenemos conocimiento de ello), pero que aplica para los empleados públicos, no para los privados, que siguen teniendo derecho a las prestaciones sociales.

  3. ¿Si me incapacitan 60 días, luego trabajo 45 días y después me incapacitan 30 a 60 días por cirugía, cómo se paga la incapacidad o quiénes le corresponde?

    Responder a MILE 1 respuesta
    1. Es la EPS la que reconoce la incapacidad, pero es el empleador quien la paga directamente al trabajador, y se paga con el 66.66% del salario cotizado, teniendo en cuenta que el resultado no puede ser inferior al salario mínimo o a su equivalente diario.

      En este caso, como hubo una interrupción superior a 30 días entre incapacidades, se descarta que sea una prórroga, por lo que las dos incapacidades se pagan con el mismo porcentaje: 66.66%.

  4. Una persona que haya estado incapacitada durante 162 días en un semestre, ¿tiene derecho a solicitar el Día de la Familia?

    Responder a JOENCUZ 1 respuesta
    1. Este tema está resuelto en este enlace.

  5. Cuando una persona se incapacita tres días de la semana, tiene derecho a que se le pague el dominical.

    Responder a YAZMIN 1 respuesta
    1. Sí tiene derecho al pago del dominical porque ha faltado al trabajo por causa justificada, y sólo cuando la ausencia es injustificada es que se descuenta el descanso dominical remunerado.

  6. Durante la incapacidad, no se reconoce el subsidio de transporte. En ese orden de ideas, para liquidar primas y cesantías, tampoco se tiene en cuenta dicho subsidio para establecer el salario base devengado.

    Responder a LHB 1 respuesta
    1. Si no hay se paga auxilio de transporte no puede incluirse lo que no existe. Como por regla general estos valores se promedian, los meses que se paga auxilio de transporte se promediará con los que si se pagó.

      Saludos

  7. Tenemos una señora incapacitada, pues cumplió sus 180 días. La EPS nos pagó las incapacidades; luego, ya han pasado 540 días y Colpensiones no le ha resuelto lo de su pensión ni ha pagado las incapacidades. Ella también tuvo una calificación de 43.53. Por tal motivo, no le han solucionado nada.

    Mi pregunta es: ¿hay que pagar prima y cesantías de esta señora y cómo se le liquidarán con algún porcentaje?

    1. Sí, se deben pagar prestaciones sociales completas sobre el último salario que ella tuvo antes de incapacitarse.

  8. Buena tarde. Tengo una consulta. Tuve una incapacidad de 30 días por enfermedad general, pero la empresa me lo contabilizó como 36 días en mis comprobantes de pago. Adicionalmente, me descontaron un día de trabajo y un dominical porque no pude asistir a trabajar el día en que fui a urgencias y estuve en la IPS desde las 9 a.m. hasta las 11:45 p.m., y luego me trasladaron a hospitalización. ¿Se puede hacer algo o la empresa procedió de manera correcta? Gracias.

    Responder a CAROLINA 1 respuesta
    1. Sí puede reclamar porque las incapacidades deben corresponder a los días certificados e incluir más días perjudica al trabajador. Además, no se le puede descontar el descanso dominical debido a que su ausencia fue justificada en la medida en que usted haya acreditado su estancia en el hospital.

  9. Buenas noches, tengo una pregunta: ¿por qué la dotación no se reconoce luego de que se termine la incapacidad? ¿En qué se basa para que dicha prestación no sea reconocida? Muchas gracias.

    Responder a smile 1 respuesta
    1. Crar

      Porque la dotación es un elemento de trabajo y se utiliza al desempeñar una labor, lo cual no ocurre durante la incapacidad y se genera en momentos específicos del año.

  10. Buenas tardes. Tengo una duda. En caso de que el empleado renuncie a su trabajo inmediatamente después de que termine su incapacidad y antes de cobrar la misma, ¿aún tiene derecho a cobrar sus días de incapacidad?

    1. Sí, porque el contrato de trabajo termina luego de haber terminado la incapacidad, es decir, la incapacidad se otorgó y disfrutó en su totalidad en vigencia del contrato de trabajo.

  11. Buenas tardes, tengo una duda: si el trabajador gana más del mínimo y las incapacidades se le pagan al 66%, ¿se suma el salario completo o se considera esa pequeña variación para el pago de las prestaciones sociales?

    Responder a Yesenia 1 respuesta
    1. Las prestaciones se liquidan sobre el salario del trabajador, no sobre el valor de la incapacidad.

      1. Consulta

        Sobre esta respuesta, en el caso de tener un salario variable, ¿cómo se promedia la base de prima de servicios en un semestre que incluye la liquidación de incapacidades?

        Responder a Consulta 1 respuesta
        1. En los valores a promediar no se incluyen las incapacidades, por lo que el promedio disminuye.

  12. Tengo más de 1.200 días acumulados de incapacidad. Fui calificada por la Junta Nacional y me dieron un 43,79 % de pérdida de la capacidad laboral y origen común. Tengo derecho a indemnización, ¿y quién debe pagarla? Adicionalmente, mi empleador me informó que no me iba a seguir pagando primas de servicio porque, según ellos, las políticas de la empresa, después de tanto tiempo de estar incapacitada, ya no me dan derecho a primas de servicio. Ya llevo 2 años sin recibir pago de prima por parte de mi empleador. ¿Eso es legal? ¿Pueden hacerlo?

    Responder a YINA Lora 1 respuesta
    1. En cuanto a la indemnización, depende del origen de la incapacidad laboral. Si es de origen laboral, sí tiene derecho a la indemnización.

      En cuanto a la prima, no es algo que disponga la empresa por política interna; es algo que la ley establece y, considerando que las incapacidades laborales no suspenden el contrato de trabajo, la empresa debe seguir pagando prestaciones sociales.

  13. Muchas gracias, está super bien explicado.

    Responder a jakeline 1 respuesta
    1. Gbot Asistente

      Gracias a usted por su comentario.

  14. Mi incapacidad termina el lunes. ¿Tengo derecho al descanso de esa semana?

    Responder a Perla 1 respuesta
    1. Sí, porque el día que falta al trabajo (lunes) lo hace por causa justificada, que es la incapacidad.

  15. Sirley, buenas tardes:

    Tengo la misma inquietud con respecto al auxilio de transporte como base para el cálculo de las prestaciones sociales. ¿Tuviste alguna respuesta que me puedas compartir, por favor?

    Muchas gracias.

    Responder a Mary 1 respuesta
    1. El auxilio de transporte debe incluirse en la base para liquidar el auxilio de transporte.