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Pago de los primeros 2 días de incapacidad

En las incapacidades de origen común la EPS solo reconoce a partir del tercer día, de modo que los dos primeros los termina asumiendo el empleador, según el parágrafo 1 del artículo 3.2.1.10 del decreto 780 de 2016. Conviene precisar desde ya que eso no significa que al trabajador no le paguen esos días: se los paga la empresa. ¿Con qué porcentaje y qué pasa cuando la incapacidad se prorroga?

El trabajador cobra todos los días.

Es la confusión de fondo y conviene deshacerla antes que nada.

Al trabajador se le pagan todos los días de incapacidad, desde el primero hasta el último, sin importar cuántos sean. Si le prescriben un solo día, ese día se le paga.

Lo que cambia con el tercer día no es si le pagan, sino quién asume el costo. Dice la norma:

«En el Sistema General de Seguridad Social en Salud serán a cargo de los respectivos empleadores las prestaciones económicas correspondientes a los dos (2) primeros días de incapacidad originada por enfermedad general y de las Entidades Promotoras de Salud a partir del tercer (3) día y de conformidad con la normatividad vigente.»

En la práctica el empleador paga la incapacidad completa cuando liquida la nómina y después recobra de la EPS todo menos esos dos días.

De acuerdo con nuestro criterio, decir que «el empleador paga los dos primeros días» es una forma abreviada que induce a error. El empleador paga todos los días; los dos primeros son los únicos que no recupera.

Con qué porcentaje se pagan.

La norma que fija el monto es la misma que rige el resto de la incapacidad de origen común.

Señala el artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo que el auxilio equivale a las dos terceras partes del salario durante los primeros noventa días, es decir, al 66.67 %.

Ese porcentaje aplica también a los dos primeros días, porque la norma no distingue entre tramos según quién pague.

La diferencia con el sector público.

Aquí está el origen de buena parte de la confusión, y conviene tenerlo presente porque circulan conceptos contradictorios.

El Departamento Administrativo de la Función Pública, en el concepto 396761 de 2020, sostiene que los dos primeros días se pagan al 100 %, con base en el artículo 2.2.5.5.13 del decreto 1083 de 2015.

Pero ese decreto reglamenta el sector de función pública, no el privado. De acuerdo con nuestro criterio, la regla del 100 % no puede trasladarse a una empresa privada, que se rige por el artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo.

Nada impide que un empleador privado decida pagarlos al 100 %, pero es una mejora voluntaria y no una obligación.

El piso del salario mínimo.

Se aplica igual que en el resto de la incapacidad.

La Corte Constitucional, en la sentencia C-543 de 2007, precisó que el 66.67 % procede siempre que el resultado no quede por debajo del equivalente a un salario mínimo.

De modo que quien devenga un salario mínimo recibe por esos dos días dos días completos de salario, no el 66.67 %.

Sobre qué base los liquida el empleador.

La pregunta aparece cuando el salario del trabajador no coincide con el ingreso sobre el que se cotiza.

De acuerdo con nuestro criterio, el empleador debe liquidar sobre el salario, porque el artículo 227 se refiere expresamente al salario y no al ingreso base de cotización.

Cuando la empresa cotiza sobre la totalidad del salario, que es lo que debería ocurrir, las dos bases coinciden y el problema no existe.

Cuando no coinciden, la diferencia la asume el empleador, como explicamos en el artículo sobre cómo se pagan las incapacidades laborales.

Qué pasa cuando la incapacidad se prorroga.

Es la duda más costosa para las empresas, porque de la respuesta depende si vuelven a poner dos días cada vez.

Si la nueva incapacidad es una prórroga, el empleador no asume de nuevo los dos primeros días: la EPS reconoce el periodo completo.

Si es una incapacidad nueva, el empleador vuelve a asumir dos días.

La definición está en el parágrafo 1 del artículo 2.2.3.3.2 del decreto 780 de 2016, y exige tres condiciones concurrentes:

  • Que la nueva incapacidad se expida después de la inicial.
  • Que obedezca a la misma enfermedad o lesión, o a otra relacionada, aunque el código de diagnóstico sea distinto.
  • Que entre una y otra no haya una interrupción mayor a 30 días calendario.

Un trabajador operado que recibe 20 días de incapacidad, regresa 10 días y sufre una complicación de la misma cirugía está en una prórroga: la empresa no asume esos dos días.

El mismo trabajador que, terminada la incapacidad, se fractura una pierna en un accidente ajeno, está en una incapacidad nueva: la empresa sí los asume.

De acuerdo con nuestro criterio, la condición que más se pasa por alto es la segunda. Basta con que la causa esté relacionada, aunque el diagnóstico cambie de código, y eso cubre buena parte de los tratamientos que evolucionan.

Los dos días no aplican en todos los casos.

La regla es propia de las incapacidades de origen común. Conviene precisar los tres casos en que no opera.

  • Origen laboral. La ARL cubre desde el día siguiente al accidente y sobre el 100 %. El día en que ocurre el accidente lo paga el empleador como día laborado, porque la jornada ya estaba en curso.
  • No aplica a la licencia de maternidad ni a la de paternidad, que se reconocen íntegras desde el primer día.
  • Trabajadores independientes. No hay empleador que los asuma, de modo que se pierden.

Ese último caso es el que más molesta al cotizante independiente, que paga cotización plena y aun así pierde los dos primeros días de cada incapacidad nueva. Lo desarrollamos en el artículo sobre la incapacidad laboral en trabajadores independientes.

Preguntas frecuentes.

A continuación respondemos las preguntas frecuentes de nuestros lectores.

¿Los dos primeros días de incapacidad se pagan?

Sí, y los paga el empleador. Lo que ocurre es que la EPS no se los reembolsa, no que el trabajador los pierda.

¿Cuántos días de incapacidad paga la empresa?

Asume dos en las de origen común, y ninguno en las de origen laboral, porque la ARL cubre desde el día siguiente al accidente. En todo caso la empresa paga todos los días al trabajador y después recobra.

¿A partir de qué día paga la EPS?

Desde el tercero. Si la incapacidad es de tres días, el empleador asume dos y la EPS uno.

¿Si me incapacitan un día me lo pagan?

Sí. El empleador debe pagarlo, aunque no pueda recobrarlo de la EPS.

¿Con qué porcentaje se pagan los dos primeros días?

Con el 66.67 %, igual que el resto de la incapacidad de origen común, sin que el resultado quede por debajo del salario mínimo diario. En el sector público se pagan al 100 %, pero esa regla no aplica al sector privado.

¿En una prórroga la empresa vuelve a pagar dos días?

No. Si califica como prórroga, la EPS reconoce el periodo completo. Solo vuelve a asumirlos cuando se trata de una incapacidad nueva.

¿Cuándo una incapacidad es prórroga?

Cuando es posterior a la inicial, obedece a la misma causa o a una relacionada aunque cambie el código de diagnóstico, y entre una y otra no pasaron más de 30 días calendario.

¿Y si soy trabajador independiente?

Los dos primeros días se pierden, porque no hay empleador que los asuma. La EPS reconoce desde el tercero igual que a los asalariados.

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Forma de citar este artículo (APA):

Gerencie.com. (2026, septiembre 13). Pago de los primeros 2 días de incapacidad [Entrada de blog]. Recuperado de https://www.gerencie.com/incapacidad-laboral-por-los-primeros-tres-dias.html

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4 comentarios

  1. Creo que están equivocados porque salió el Concepto 396761 de 2020, en el que se indica: “El empleado incapacitado por enfermedad general recibirá el 100% del salario cuando la licencia tenga una duración inferior o igual a dos (2) días; a partir del tercer día, percibirá dos tercios (2/3) partes del salario durante los primeros 90 días y la mitad del mismo por los 90 días siguientes.”

    Responder a Anónimo 1 respuesta
    1. Gracias por el aporte.

  2. Hay una persona que se incapacitou durante dos días, pero su patrón se los descontó. ¿Quién paga por esto? Por favor, gracias.

    Responder a Moni 1 respuesta
    1. El empleador debe pagar las incapacidades de esos dos días, siempre y cuando el trabajador aporte el documento correspondiente. No se le pueden descontar del salario al trabajador.