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Pago de incapacidades superiores a 180 días

Cuando la incapacidad de origen común pasa de 180 días, el obligado a pagarla deja de ser la EPS y pasa a ser el fondo de pensiones, que responde hasta el día 540 conforme al artículo 41 de la ley 100 de 1993. El traspaso no es automático: depende de que la EPS emita el concepto de rehabilitación, y cuando no lo emite el pago se queda donde estaba. ¿Quién paga en cada tramo y qué hacer si nadie responde?

Los tramos de una incapacidad larga.

La responsabilidad va rotando a medida que la incapacidad se prolonga, y cada cambio tiene su propia condición.

Periodo Obligado a pagar Fundamento
Días 1 y 2 Empleador Artículo 3.2.1.10 del decreto 780 de 2016
Día 3 al 180 EPS Artículo 3.2.1.10 del decreto 780 de 2016
Día 181 al 540 Fondo de pensiones Artículo 41 de la ley 100 de 1993
Del 541 en adelante EPS o fondo, según el caso Artículo 2.2.3.3.1 del decreto 780 de 2016

Conviene recordar que quien asume el costo no es quien paga. Al trabajador le paga el empleador cuando liquida la nómina, y después recobra de la entidad que corresponda.

Esa regla no cambia porque la incapacidad se prolongue: aunque el obligado pase a ser el fondo de pensiones, el trabajador sigue cobrándole a su empleador.

Del día 181 al 540: el fondo de pensiones.

El traspaso se explica porque a partir de cierto punto la incapacidad deja de ser una contingencia de salud y empieza a ser una posible invalidez.

Dice el artículo 41 de la ley 100 de 1993:

«Para los casos de accidente o enfermedad común en los cuales exista concepto favorable de rehabilitación de la Entidad Promotora de Salud, la Administradora de Fondos de Pensiones postergará el trámite de calificación de Invalidez hasta por un término máximo de trescientos sesenta (360) días calendario adicionales a los primeros ciento ochenta (180) días de incapacidad temporal reconocida por la Entidad Promotora de Salud, evento en el cual, con cargo al seguro previsional de invalidez y sobrevivencia o de la entidad de previsión social correspondiente que lo hubiere expedido, la Administradora de Fondos de Pensiones otorgará un subsidio equivalente a la incapacidad que venía disfrutando el trabajador.»

De ahí salen los 540 días: los 180 de la EPS más los 360 que el fondo puede postergar la calificación.

Nótese que lo que el fondo reconoce es un subsidio equivalente a la incapacidad que el trabajador venía recibiendo, no una prestación distinta ni de menor valor.

El concepto de rehabilitación es la llave.

Aquí está el punto que decide quién paga y donde se atascan la mayoría de los casos.

El fondo de pensiones solo asume el pago cuando la EPS ha emitido el concepto favorable de rehabilitación y se lo ha remitido.

Si la EPS no lo emite, el fondo no paga, y la incapacidad sigue a cargo de la EPS hasta que lo expida.

De acuerdo con nuestro criterio, esa regla es la mejor herramienta del empleador y del trabajador en este tramo. La demora de la EPS no traslada el costo a nadie más: la deja a ella misma obligada, y así conviene plantearlo por escrito cuando las dos entidades se devuelven el caso.

La EPS debe emitir ese concepto antes del día 120 de incapacidad y remitirlo al fondo antes del 150, precisamente para que el traspaso sea ordenado.

Del día 541 en adelante.

Pasados los 540 días la regla vuelve a cambiar y el reparto deja de ser automático.

Según el artículo 2.2.3.6.1 del decreto 780 de 2016, la EPS asume el pago en tres supuestos:

  1. Cuando existe concepto favorable de rehabilitación expedido por el médico tratante y se requiere continuar el tratamiento.
  2. Cuando el paciente no se ha recuperado pese a haber seguido los protocolos, las guías de atención y las recomendaciones del médico tratante.
  3. Cuando por enfermedades concomitantes surgieron nuevas situaciones que prolongaron la recuperación.

En los demás casos el pago sigue a cargo del fondo de pensiones, hasta que se resuelva la situación del trabajador.

De acuerdo con nuestro criterio, a estas alturas el asunto ya no debería estar en discusión sobre quién paga sino sobre la calificación de la pérdida de capacidad laboral, que es el desenlace natural de una incapacidad de año y medio.

La calificación de la pérdida de capacidad laboral.

Es el trámite que debería correr en paralelo, y no después, porque de él depende que la situación se resuelva.

Dentro de los 360 días siguientes a los primeros 180 puede solicitarse la calificación, y si el resultado supera el umbral legal, procede la pensión de invalidez.

Si no alcanza ese umbral, lo que procede es la reubicación del trabajador en un puesto compatible con sus condiciones de salud.

El procedimiento, las juntas competentes y los recursos los desarrollamos en el artículo sobre la calificación de la pérdida de capacidad laboral.

Las incapacidades de origen laboral no tienen tramos.

Todo lo anterior aplica únicamente a las incapacidades de origen común. En las de origen laboral el esquema es mucho más simple.

La ARL paga desde el día siguiente al accidente y sobre el 100 % del ingreso base de cotización, hasta que el trabajador se recupere o se le reconozca la pensión de invalidez.

No hay traspaso al fondo de pensiones ni cambio de porcentaje al pasar los 180 o los 540 días.

Lo que sí ocurre es que, superados los 180 días, la ARL puede prorrogar por otros 180, y si la incapacidad supera los 360 debe iniciarse el trámite para determinar el grado de invalidez o la incapacidad permanente, conforme al artículo 3 de la ley 776 de 2002.

Qué sigue vigente mientras tanto.

Una incapacidad larga no altera la relación laboral, y conviene tenerlo claro porque muchas empresas suponen lo contrario.

  • El contrato de trabajo sigue vigente y no se suspende.
  • El empleador sigue pagando los aportes a salud y pensión que le corresponden.
  • El trabajador sigue causando prima de servicios, cesantías, intereses y vacaciones.

Las prestaciones sociales se liquidan sobre el último salario devengado antes de la incapacidad, no sobre el auxilio, como explicamos en el artículo sobre prestaciones sociales en periodos de incapacidad.

Y el hecho de superar los 180 días no habilita por sí solo la terminación del contrato, punto que tratamos en el artículo sobre terminar el contrato a un trabajador con incapacidad laboral.

Qué hacer cuando ninguna entidad paga.

Es el escenario más frecuente en la práctica: la EPS dice que ya cumplió los 180 días y el fondo dice que no ha recibido el concepto de rehabilitación.

El trabajador no debe entrar en esa discusión. Su interlocutor es el empleador, que debe seguir pagándole porque el contrato sigue vigente.

El empleador, por su parte, tiene tres caminos:

  1. Requerir por escrito a la EPS el concepto de rehabilitación, dejando constancia de la fecha, porque mientras no lo emita la incapacidad sigue a su cargo.
  2. Presentar queja ante la Superintendencia Nacional de Salud por el incumplimiento.
  3. Acudir a la vía judicial si la entidad persiste en la negativa.

De acuerdo con nuestro criterio, el primer paso resuelve la mayoría de los casos, porque la EPS suele emitir el concepto apenas se le advierte que el costo sigue siendo suyo.

Preguntas frecuentes.

A continuación respondemos las preguntas frecuentes de nuestros lectores.

¿Quién paga la incapacidad después de 180 días?

El fondo de pensiones, del día 181 al 540, siempre que la EPS haya emitido el concepto favorable de rehabilitación. Si no lo emite, la incapacidad sigue a cargo de la EPS.

¿Y después de 540 días?

La EPS en tres supuestos: concepto favorable de rehabilitación con tratamiento en curso, falta de recuperación pese a haber seguido las recomendaciones médicas, o enfermedades concomitantes que prolongaron la recuperación. En los demás casos, el fondo de pensiones.

¿Con qué porcentaje se paga después de los 180 días?

El fondo reconoce un subsidio equivalente a la incapacidad que el trabajador venía recibiendo, sin que pueda quedar por debajo del salario mínimo.

¿Qué pasa si la EPS no emite el concepto de rehabilitación?

La incapacidad sigue a cargo de la EPS hasta que lo expida. La demora no traslada el costo al fondo de pensiones ni al empleador.

¿A los cuántos días de incapacidad me pensionan?

La incapacidad no pensiona por sí sola. Lo que ocurre es que dentro de los 360 días siguientes a los primeros 180 debe adelantarse la calificación de la pérdida de capacidad laboral, y si el resultado supera el umbral legal, procede la pensión de invalidez.

¿Una persona incapacitada más de 180 días tiene derecho a prima?

Sí. La incapacidad no suspende el contrato, de modo que se siguen causando la prima, las cesantías y las vacaciones, liquidadas sobre el último salario devengado.

¿Me pueden despedir por superar los 180 días de incapacidad?

No por ese solo hecho. Superar los 180 días no es una causal de terminación, y el trabajador puede estar amparado por estabilidad laboral reforzada.

¿Y si la incapacidad es de origen laboral?

La ARL paga desde el día siguiente al accidente y sobre el 100 %, sin traspaso al fondo de pensiones ni cambio de porcentaje. Superados los 360 días debe iniciarse el trámite de calificación.

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Forma de citar este artículo (APA):

Gerencie.com. (2026, septiembre 14). Pago de incapacidades superiores a 180 días [Entrada de blog]. Recuperado de https://www.gerencie.com/pago-de-incapacidades-superiores-a-180-dias.html

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16 comentarios

  1. Buen día. Si tengo aportes como dependiente e independiente, este último con salario mínimo, al liquidar el AFP, ¿es legal que sumen los dos IBC? Al hacerlo, me pagaron menos de lo que me pagaba la EPS, pero los aportes son los mismos, es decir, como independiente me dejaron ganando menos del mínimo; ¿o deben liquidar el pago por separado? Gracias.

    1. El IBC es uno solo, acumulando lo que se paga como asalariado y como independiente, y todas las prestaciones se deben liquidar sobre ese IBC acumulado.

  2. claudia Alejandra

    Si tengo incapacidad superior a 540 días, devengando un salario mínimo, la EPS a qué porcentaje reconoce las incapacidades y qué valor me debe reconocer mi empleador?

    1. La incapacidad superior a 90 días se paga con el 50%, pero como esta no puede ser inferior a salario mínimo y usted devenga un salario mínimo, recibirá un salario mínimo.

  3. ¿Cuántos días tiene el Fondo de Pensiones para iniciar a reconocer el auxilio pasados los 180 días y cuando ya existe concepto de la EPS? ¿Hay un tiempo definido por la norma o los fondos no tienen un límite de tiempo para estudiar el asunto y empezar a cubrir el auxilio? En mi caso, han pasado más de 50 días desde que se cumplió el día 180 y el fondo dice que sigue estudiando la solicitud, pero no han empezado a pagarme el auxilio.

    Responder a Liz 1 respuesta
    1. No conocemos una norma que fije un plazo específico para esos casos. Le sugerimos presentar un derecho de petición, el que sí debe ser respondido oportunamente, en el que se le debe resolver de fondo la petición, y si no se hace, puede recurrir a otras instancias como la acción de tutela.

  4. Alvaro Ramirez

    Si un trabajador está incapacitado más de 180 días, ¿sigue acumulando días de vacaciones?

    1. Sí, debido a que la incapacidad laboral, por extensa que sea, no suspende el contrato de trabajo.

  5. Quisiera saber en el caso de que una persona tenga más de 180 días de incapacidad por enfermedad de origen general y esté en proceso con el fondo de pensiones, ¿la empresa hasta cuándo debe pagar seguridad social y mantener el contrato laboral?

    Responder a Paola 1 respuesta
    1. Debe hacerlo hasta que el fondo de pensiones le reconozca la pensión por invalidez e incluya al trabajador en la nómina de pensionados.

  6. Julie Villanueva

    Buen día:

    Solicito su amable colaboración para explicarme lo siguiente: tengo una colaboradora que tiene 540 horas de incapacidad, y la EPS ya no le paga las incapacidades.

    Me gustaría saber, entonces, quién debe hacerse cargo de sus pagos por incapacidad, ya que ella sostiene que somos nosotros, como empresa, quienes debemos responder por estos pagos.

    Muchas gracias.

    1. Buenos días, Julie.

      En ese caso la incapacidad debe pagarla el fondo de pensiones, suponiendo que la EPS ha dejado de pagarla con razones justificadas de acuerdo al atículo artículo 2.2.3.3.1 del decreto 780 de 2016.

      Saludos

  7. Los 180 días se cuentan corridos o hábiles.

    Responder a BEATRIZ 1 respuesta
    1. Son corridos, días calendario.

  8. Buenas tardes,

    ¿Quién paga incapacidades de origen común superiores al día 180 a una persona extranjera que labora aquí en Colombia y no está afiliada a una AFP? Se aclara que dicha persona tiene una relación laboral dependiente. En caso de que esa obligación esté a cargo del empleador, ¿me pueden indicar el marco normativo?

    Muchas gracias.

    1. En ese caso, debe pagarla el empleador, quien deberá asumirla porque la EPS no está obligada a pagarla al ser una obligación del fondo de pensiones.